림프종의 치료는 크게 항암화학요법, 방사선치료와 조혈모세포이식으로 구분합니다. 수술은 대부분 조직검사와 종괴 크기의 감소 등을 목적으로 시행합니다. 

비호지킨림프종은 진단 초기부터 전신적인 증상과 각종 장기들을 침범해서 발생하므로 국소적인 치료만으로는 완치율이 높지 않습니다. 따라서 전신적인 질환으로 생각하고 약물 치료를 해야만 합니다. 치료는 백혈병과 비슷하게 관해유도, 공고요법, 유지요법 등으로 이루어집니다. 치료에 주로 사용되는 약으로는 빈크리스틴, 다우노루비신, 프레드니솔론, 사이톡산(혹은 이포스파마이드), 메토트렉세이트 등이 있으며, 시타라빈과 사이오구아닌 등도 포함됩니다. 

호지킨림프종은 방사선 치료에 대단히 예민하여 충분한 양의 방사선으로 근치적 치료가 가능합니다. 단, 소아는 성인과 달리 골(뼈)성장 등을 고려해야 하며, 2차 암의 발생도 고려해야 합니다. 특히 8세 미만의 환자는 방사선 치료를 하면 골 성장과 장기 발달에 지장이 있어 먼저 약물 치료를 하고 방사선 치료는 나중에 하는 것이 표준입니다. 

많이 사용되는 항암제로는 나이트로젠 머스타드(nitrogen mustard), 빈크리스틴(vincristine), 프로카바진(procarbazine), 프레드니솔론(prednisolone), 사이클로포스파미드 (cyclophosphamide), 아드리아마이신(adriamycin), 블레오마이신(bleomycin), 빈블라스틴(vinblastine), 다카바진(dacarbazine) 등이 있습니다. 최근에는 림프종의 치료 성공율을 높이기 위해 항-CD20 항체인 리툭시맙(Rituximab)과 같은 단클론 항체를 병합 사용하기도 합니다. 

림프종이 재발한 경우나 초기 치료 반응이 나쁜 경우에는 치료 성적을 높이기 위해서 자가 혹은 동종 조혈모세포이식을 시행하는 경우도 있습니다.