점막암이나 점막하층에 국한된 일부 조기 대장암에 대해서 내시경적 절제술을 시행할 수 있습니다. 그러나 경우에 따라 종양의 내시경적 완전 절제를 실패할 수 있으며 이 경우에는 수술을 통하여 결장의 광범위한 절제를 시행해야 합니다. 내시경적으로 완전 절제가 되었다고 하더라도 조직을 면밀히 검토하여 암의 침윤 정도가 깊거나 세포의 분화도가 나쁜 경우, 또는 혈관이나 림프관을 침범한 소견이 보일 때는 이차적으로 수술을 통하여 결장의 광범위한 절제를 시행해야 하는 경우도 있습니다. 
드물게 내시경적 절제 도중 또는 직후에 장천공이 발생할 수 있습니다. 이 경우 천공이 심하지 않은 경우에는 대부분 보존적 치료만으로 좋아지지만 경우에 따라서는 수술적 치료가 필요할 수도 있습니다. 

수술 후에 다음과 같은 합병증들이 발생할 수 있습니다.

폐에 생기는 합병증으로 무기폐(無氣肺), 폐렴 등이 있습니다. 무기폐란 어떤 이유에서든 호흡기의 분비물(가래 등)이 기관지를 막는 바람에 공기가 들어가지 못하고 폐가 쭈그러든 상태를 말하며, 수술 후 통증으로 깊은 숨을 쉬지 못할 경우에도 발생합니다. 이를 방치하면 호흡곤란과 폐부전증이 올 수 있고, 폐렴이 생기기도 쉽습니다. 폐합병증을 예방하기 위해서는 심호흡, 기침하기, 가래 뱉어내기 등을 꾸준히 해야 합니다.

장을 자르고 나서 양쪽을 이어준 부위(문합부)의 혈류가 좋지 않거나 많이 당겨지게 되면 잘 아물지 않아서 장의 내용물이 장 밖으로 새는 경우가 있습니다. 특히 직장암 수술 후 문합부 누출이 빈번하며 이러한 경우는 재수술이 필요합니다.

수술 중 세균 유입이나 문합부 누출로 인하여 복강 내에 염증이 생기는 것을 복강 내 감염이라고 합니다. 이는 복통 및 장 마비와 관련이 있고 심하면 패혈증을 일으키기도 합니다.

수술 중 또는 수술 후에 출혈이 있을 수 있습니다. 특히 고혈압이나 간질환, 유전성 질환이 있는 분들은 출혈이 나기도 쉽고 잘 멎지 않으므로 수혈이 필요할 수도 있습니다. 수술 후에 생긴 출혈은 출혈 속도 및 양에 따라 지혈을 위한 재수술 또한 고려해야 합니다.

당뇨가 있거나 기존에 스테로이드 약물을 복용하신 분들은 상처 치유가 지연되고 염증이 생길 가능성이 일반인 보다 높습니다. 상처에 염증이 생기면 오랫동안 소독을 해야 할 수도 있고 심하면 수술을 통해 깨끗이 씻어내고 재봉합해야 할 수 있습니다.

건강한 성인의 경우에는 복강 안에 있는 소장, 대장, 위, 복막 등의 장기들이 기름을 발라놓은 듯이 매끄러워서 인접해 있어도 서로 들러붙지 않습니다. 그러나 개복하여 수술을 하게 되면 복막의 손상에 의한 염증, 혹은 복강에 남은 피의 응고 따위가 원인이 되어 장기들이 곧잘 달라붙게 됩니다. 이러한 현상을 유착이라 하며, 소장이나 대장이 복강 내에서 다른 부위에 달라붙는 것을 장의 유착이라고 합니다. 장이 꼬이거나 꺾인 상태에서 유착이 일어나면 장의 내용물이 밑으로 내려가지 않는 장폐색 증상이 나타나게 됩니다. 장의 유착에 의한 장폐색은 수술 후 흔히 발생하는 합병증의 하나이며, 이를 예방하기 위해서는 수술 다음날부터 보조기 등을 이용하여 걷는 운동을 시작하는 것이 좋습니다.

에스상결장암 또는 직장암을 수술할 때, 암이 배뇨와 성기능에 관여하는 신경을 침범했거나 아주 근접한 경우엔 불가피하게 그 신경을 같이 절제하기도 하는데, 그 결과로 두 기능에 장애가 올 수 있습니다. 신경을 절제하지 않았더라도 수술 후 일시적으로 배뇨와 성기능에 장애가 나타날 수 있습니다. 배뇨장애는 이 외에 수술 후 투여되는 진통제에 의해서도 생길 수 있습니다. 

직장암 수술에서는 대부분의 환자에게 일시적으로 배뇨장애가 발생할 수 있습니다. 배뇨관(排尿管)을 제거한 후에도 소변 배출이 어려울 수 있는데 이것도 시간이 경과하면 대부분 정상으로 돌아옵니다. 

성기능 장애에는 남성의 경우 발기 부전 및 사정하는 느낌은 있는데 정액이 나오지 않는 소위 역 
행성 사정이 생길 수 있습니다. 여성은 성관계 시에 윤활액이 적어지거나 통증을 느낄 수도 있습 
니다. 
수술 후의 성기능 장애에 신경 차단 같은 신체적 요인보다 암에 대한 불안감과 스트레스 등 심리적 요인이 더 크게 작용하는 경우가 종종 있습니다. 배우자의 이해와 포용이 필요하며, 정신과 의사와의 상담이 도움이 될 수도 있습니다. 

우측 결장을 절제했거나 대장의 많은 부분을 절제했을 때는 묽은 변을 자주 보는 증상이 나타날 수 있습니다. 대개 수술 후 몇 달이 지나면 횟수도 줄어들고 변의 굳기도 정상화됩니다. 
직장암으로 직장의 일부 또는 대부분을 절제하면 변이 아주 잦아질 수 있습니다. 직장은 대변을 저장했다가 모아서 배출하는 곳인데, 그것이 작아지거나 없어졌기 때문입니다. 암이 항문에서 얼마나 떨어진 곳에 있었는지, 직장을 얼마큼 절제했는지에 따라 정도가 다릅니다. 이러한 증상은 시간이 지나면서 점차 나아져, 대개 수술 후 6개월이 되면 크게 호전되고, 그 후 약 2년 사이에 서서히 더 좋아집니다.

화장실에 자주 가게 되면 항문 주위가 헐어 통증이 올 수 있습니다. 이럴 때는 휴지로 뒤를 닦는 것보다 샤워기 등을 이용해 물로 씻는 편이 좋습니다. 비누는 피부를 더 자극하므로 쓰지 않는 게 낫고, 비데는 사용해도 괜찮으나 물의 압력이 너무 세면 항문 주위 피부 손상이 심해지니 주의해야 합니다. 물로 씻은 후에는 마른 수건으로 꾹꾹 눌러서 물기를 없앱니다(문지르지 마십시오). 속옷은 너무 끼이지 않는 것을 입습니다. 땀이 많이 나는 분은 베이비 파우더를 항문 주위에 뿌리면 도움이 될 수 있습니다. 

항문 주위의 통증에 좋은 것으로 좌욕이 있습니다. 좌욕이란 따뜻한 물에 엉덩이를 담그는 것으로, 항문 부위의 상처를 치유하고 아픔을 더는 효과가 있습니다. 보통 하루 3~4회, 한 번에 5~10분쯤 하도록 권하지만, 상태에 따라 다를 수 있으니 담당 의사나 간호사의 지시에 따르십시오. 물은 40도 이하, 손을 넣어 보아 뜨겁지 않은 정도가 적당합니다. 요오드 성분이 포함된 소독제를 물에 섞으라고 담당 의사가 지시하는 수도 있지만, 대개는 깨끗한 수돗물이면 무방합니다. 좌욕기가 없다면 그 비슷한 용기를 사용해도 됩니다.

암세포의 성장과 분열이 빠르다는 점을 노려 항암제는 주로 빨리 자라는 세포들을 죽이도록 만들어졌습니다. 따라서 정상 세포 중 일부 빨리 증식하는 것들은 항암제의 영향을 받게 되어 부작용이 발생합니다. 그러나 치료가 끝나면 대부분 원상회복됩니다. 
주로 발생하는 부작용은 백혈구나 혈소판 감소증, 탈모, 오심, 구토, 피로 등입니다. 그러나 약제에 따라 주된 증상이 다르거나 특이한 부작용을 보일 수 있습니다. 흔히 사용하는 항암제들의 부작용은 다음과 같습니다. 

표에 나열된 부작용들이 치료 때마다 발생하는 것은 아니며, 증상의 정도도 개인차는 있지만 대부분 경미하고, 치료를 중단하거나 끝내면 사라지는 게 보통입니다. 부작용이 심하면 담당 의료진과 상담하여 도움을 받으십시오.

방사선 치료를 시작한 지 2~3주가 지나면 골반부가 다소 뻐근함을 느낄 수 있습니다. 이는 골반부의 연부 조직이 미세하게 붓기 때문에 나타나는 증상으로, 방사선 치료가 끝나면 대부분 자연적으로 소멸됩니다. 드물게 중등도의 통증을 호소하는 경우가 있는데 이때는 담당 의사와 상의하여 적절한 처방을 받으면 됩니다.

방사선치료를 시작하고 2~4주 정도가 지나면 뒤가 무겁고 자주 화장실에 가게 될 수 있습니다. 이때 변이 나오지 않거나 소량인 경우가 많습니다. 이것은 방사선에 의해 직장이 붓기 때문에 생기는 현상이며, 치료가 끝나고 2~4주 안에 소멸됩니다. 증상이 나타났을 때는 화장실에 가되 변을 배설하기 위해 무리하게 힘을 주지 않는 것이 좋습니다. 힘을 주면 직장이 더 붓게 되어 증상의 악순환이 일어날 수 있습니다. 변을 본 후 찬물이나 미지근한 물로 좌욕을 하면 도움이 됩니다.

방사선치료 중 방사선의 일부가 요도에 조사(照射)되어 소변을 볼 때 요도가 따끔거릴 수 있습니다. 이는 치료 중에 나타나는 일시적인 현상으로, 치료 종료와 함께 자연적으로 사라집니다. 증상이 심할 때는 담당 의사의 처방을 받으면 완화될 수 있습니다.

항문은 우리 몸에서 가장 민감한 부분의 하나여서 조그만 변화라도 아주 예민하게, 때로는 실제보다 과장하여 느낄 수 있습니다. 병변이 항문과 가까운 직장 하부에 있으면 방사선치료의 영역에 항문이 포함되기 때문에 치료 후반부에 그곳이 붓거나 피부가 벗겨지곤 합니다. 이는 불가피하지만 그리 염려할 필요는 없는 현상인데, 그래도 참기가 어렵다면 담당 의사와 상의해 적절한 처방을 받으십시오.