횡문근육종은 우리 몸의 다양한 부위에 생길 수 있는 종양이기 때문에 횡문근육종에 특이적이라고 말할 만한 증상은 없으며 발생한 곳에 따라 다양한 증상이 나타납니다. 몸통이나 사지의 것은 종괴가 만져지는 경우가 가장 흔하며(이때 종괴를 누르면 아플 수도 있고 안 아플 수도 있습니다) 두경부 및 안면부에 발생한 것은 비폐색(코막힘), 시력 변화, 두통, 안면신경 마비, 통증을 동반한 얼굴 비대칭 등의 증상을 보일 수 있고, 중이(가운데 귀)에 발생하는 경우 귓속의 통증이나 분비물, 청력 저하 등이 나타나기도 합니다. 횡문근육종은 비뇨생식기에도 흔히 생겨서 혈뇨나 배뇨 곤란, 배뇨 시의 통증, 잦은 요도염 및 방광염 등의 증상을 나타내며, 병이 진행된 여성의 경우에는 종괴가 질 밖으로 흘러나오기도 합니다. 사춘기 이후의 환자가 전립선 비대에 의한 배뇨 곤란으로 치료받다가 그 증상이 전립선의 횡문근육종이 원인이라는 것이 나중에 확인되는 수도 있습니다. 또한 뇌와 밀접하게 가까운 위치의, 소위 ‘뇌막인접부(비인두, 부비동, 비강, 중이 등의 부위)’에 횡문근육종이 발생하고 이것이 중추신경계에 침범한 경우 중추신경계 증상이 동반되기도 합니다.

횡문근육종의 확진은 조직학적 진단을 통해 이루어집니다. 원발 부위의 생검 혹은 수술적 절제술을 통해 얻어진 종양 조직을 현미경으로 확인하여 횡문근육종의 진단을 하게 됩니다. 그 외에 진단 당시의 병기의 결정을 위해서는 의심되는 부위의 단순 X선 촬영(X-ray), 흉부 전산화단층촬영(CT) 또는 자기공명영상(MRI), 복부의 전산화단층촬영(CT), 그리고 뼈스캔(Bone scan) 및 골수 검사 등이 필요합니다. 그 외에 횡문근육종의 발생 부위에 따라 필요시에는 뇌척수액 검사도 함께 시행해야 하며, 기타 기본 혈액 검사 등도 함께 시행해야 합니다. 

현재 혈액검사 등으로 횡문근육종의 진단을 내릴 수 있는 방법은 없으며 횡문근육종의 진단이나 재발 판정에 유용한 종양 표지자도 발견된 것은 없습니다.