외적 위협과 내적 장애에 대한 신체반응을 조절하는 매우 복잡한 기제를 말한다. 외적 위협에는 박테리아, 바이러스, 기생충, 독성 등이 있고, 내적 위협에는 기능장애 세포 등이 있다. 면역체계는 학습능력이 있어 일단 외부침입자를 확인하게 되면 특정 항원에 대한 특정 반응요소를 교정하며, 항원에 대항하기 위한 요소도 기억하게 된다. 면역체계에는 항체, 면역 글로블린 등을 포함하는 체액면역체계와 침입자에게 직접 작용하거나 체액면역체계를 중재하는 다양한 세포형태를 포함하는 세포면역체계로 구분된다.