말트 림프종의 병변의 위치는 주로 전정부와 체부에 있고 병변의 모양은 궤양과 미란이 가장 흔하며 점막 소결절, 융기 병변, 점막 비후가 관찰되나 육안으로는 이상이 없을 수 있습니다. 내시경 소견만으로 양성 궤양, 미란이나 위암과 감별하기 힘들기 때문에 확진을 위해서는 조직검사가 필요합니다. 
방사선 검사는 진단과 병변의 침윤 정도의 파악에 도움을 줄 수 있습니다. 전산화단층촬영(CT)은 위벽의 비후, 종괴 형성을 볼 수 있고, 위 주위 림프절 침범과 횡격막 상하의 림프절 평가에 도움을 줄 수 있습니다. 종양의 침윤 정도와 국소 림프절 전이 여부를 검사하기 위해서 초음파 내시경을 시행할 수 있습니다. 

악성 림프종은 상복부에서 종괴가 촉진될 수 있는데 위장조영검사나 위내시경검사시 융기형, 궤양형과 침윤형이 다 보일 수 있기 때문에 육안소견으로 위암과 구별하는 것은 쉽지 않습니다. 일반적으로 위내강이 좁아지지 않으면서 위주름이 비후되거나, 십이지장으로 침윤되거나 여러 개의 종괴나 궤양이 있으면 악성 림프종일 가능성이 높습니다. 
그러나 위내시경검사로 위선암과 확실히 구분하는 것은 불가능하기 때문에 조직검사로 진단해야 합니다. 
내시경적 조직검사로도 약 반에서는 위선암으로 오인하기 쉬우나, 자세히 분석하여 보면 몇 가지 특징이 있습니다. 내시경 소견상 악성 림프종의 일반적인 특징은 병변이 다발성이며, 육안 소견이 다양하고, 점막하종양의 요소를 지니고 있으며, 신전성이 비교적 잘 보존되는데 병변이 딱딱하지 않고 부드럽기 때문에 위 전체의 변형이 적다는 점입니다. 또한 병변부의 경계가 명확하지 않고 불규칙하며, 미란, 궤양 및 융기 등의 다양한 소견이 혼재되어 관찰되기도 합니다.