항문암의 예방을 위해서는 항문암의 발생 원인이 될 수 있다고 알려진 요소들을 피하는 것이 중요합니다. 하지만 다른 많은 암의 경우와 마찬가지로 항문암의 경우에도 그 발생 원인이 다양하고, 또 실제 암발생은 여러 원인들이 복합적으로 작용하는 경우가 많아 발생 원인을 어느 한 가지로 단정지을 수 없습니다. 그러므로 항문암의 예방에 직접적 효과가 있는 것을 지적하기는 쉽지 않지만, 예방에 도움이 될 수 있는 몇 가지 사항이 있습니다. 

항문암을 예방하는 데 있어 가장 중요한 것은 사람유두종바이러스 감염을 예방한는 것입니다. 사람유두종바이러스는 성 접촉에 의해 감염되기 때문에 첫 성경험 나이를 늦추고, 성상대자수를 최소화하는 등의 안전한 성생활을 유지하는 것이 도움이 됩니다. 

흡연을 하면 몸에 해로운 화학물질들이 혈액 내로 흡수되어 항문암의 발생 위험이 높아지므로 비흡연자에 비해 흡연자의 항문암 발생 위험이 더 큽니다. 금연을 하면 이 위험도를 낮출 수 있습니다. 또한 금연은 항문암 이외에도 다른 여러 종류의 암 예방에 도움이 됩니다.