항문암의 치료는 복회음 절제술, 항문을 통한 국소절제술 등의 수술요법, 방사선요법, 항암화학요법, 그리고 이들을 병합하여 이용하는 방법 등이 있습니다. 

과거에는 진행된 침습성 항문암은 대개 복회음절제술(abdominoperineal resection)이라고 하는 수술을 받았습니다. 이 수술은 항문관, 항문연, 항문 주위 피부, 직장을 절제하는 수술로, 항문을 없애고 대신 인공항문(장루)을 만드는 수술입니다. 하지만 이러한 수술은 국소재발률이 높고, 5년 생존율이 40~70%이였으며, 영구 장루와 같은 합병증이 많이 발생하였습니다. 

또한 일부 환자에 대해서는 비수술적인 치료가 필요한 경우가 있습니다. 절제가 불가능한 경우이거나, 재발한 병변이 넓은 경우, 수술이 불가능한 내과적인 문제 등이 있는 경우에는 방사선치료만 단독으로 하든지, 항암화학요법과의 복합요법을 시행하여 항문의 괄약근을 보존할 수 있습니다. 

현재의 항문암의 치료 목표는 암을 국소적으로 조절하고, 항문 괄약근을 보존하면서 영구 장루가 필요한 상황을 피하는 것입니다. 

현재는 항문관암 또는 T2~4 (림프절 전이는 음성 또는 양성)인 항문연암의 경우 일차 치료로 동시 항암화학-방사선요법(concurrent chemoradiation therapy)이 복회음절제술 대신에 권유되고 있습니다. 잘 분화된(well differentiated) 항문연암(T1, N0), 접근이 쉬운 원위부 항문관 종양, 2cm 이하의 작은 종양의 경우는 국소절제술만으로도 치료할 수 있으며, 정상 항문 기능을 보존할 수 있습니다. 

최근 항암화학-방사선요법으로 인한 완전관해 비율이 67~87%로 보고되고 있습니다. 완전관해는 치료로 인해 암으로 인한 모든 징후(sign)가 사라진 것을 의미합니다. 하지만 완전관해가 항상 암의 완전한 치료를 의미하는 것은 아닙니다.

항문관암의 일차 치료로는 항암화학-방사선요법이 사용되고 있습니다. 항암화학요법 약물인 5-에프유(5-FU)와 마이토마이신(mitomycin)을 사용하고 동시에 방사선 치료를 같이 하는 것입니다. 이는 항암제의 방사선 감수성 효과 때문에 방사선만을 단독으로 사용했을 때보다 더 적은 조사량으로도 치료 효과가 크다고 알려져 있습니다. 방사선치료의 시기는 최근 보고되는 대부분의 사례에서 항암제 치료와 동시에 시행하고 있으며, 방사선치료 시점을 기준으로 항암제의 약제별로 투여 시간 및 방법에 따라 차이가 있으나 일반적으로 순차적 치료보다는 동시 치료가 더 높은 반응률을 나타내고 있는 것으로 알려져 있습니다. 이때, 방사선 선량(radiation dose)은 병기가 높을수록 많아집니다. 5-에프유(5-FU)와 마이토마이신(mitomycin)은 방사선 치료하는 1주와 5주 동안에 최소한 2주기(cycle)가 투여됩니다.

항문연암은 임상적 병기에 따라 국소절제술 또는 항암화학-방사선요법으로 치료합니다. 
잘 분화된(well differentiated) T1, N0항문연암의 경우는 충분한 절제연(암에서부터 절제 부분까지의 길이)을 확보하면서 국소절제술로 치료합니다. 암에서부터 절제연까지의 길이가 충분치 못할 경우에는 다시 국소절제술을 시행합니다. 만약 절제연의 길이가 충분하지 않다면 대체 치료로 국소 방사선치료±항암화학요법을 고려해 볼 수 있습니다. T 2-4이고 림프절 전이 양성인 항문연암은 5-에프유/마이토마이신 + 방사선 치료를 합니다.